Lycéenne de première année, Kurokami Medaka est une jeune fille qui souhaite obtenir le poste de présidente des élèves. Si elle remporte cette élection, elle prétend qu'elle est prête à résoudre tous les soucis, qu'ils soient sentimentaux, ou même familiaux des élèves. Elle leur affirme que s'ils confient par écrit ces problèmes dans une boîte spéciale, elle n'hésitera pas à leur venir en aide, de quelque manière que ce soit.
C'est ainsi que Medaka, grâce à 98% des voix que lui ont donné les élèves, a réussi à prendre ces responsabilités. Dès lors, elle demande à Hitoyoshi Zenkichi, un ami d'enfance, de rejoindre le conseil des étudiants, afin de la soutenir dans cette tâche...