En bordure du système solaire, une terrible bataille fait rage entre l'Empire Galman et les forces de la planète Berth. La puissante flotte Galman décide alors d'écourter le combat en utilisant de gigantesques missiles destructeurs, mais un de ces missiles manque sa cible et s'écrase dans le soleil, le transformant en une bombe à radiations. Celui-ci explosera dans un an, engloutissant le système solaire dans son ensemble. L'équipage du Yamato est chargé de trouver une nouvelle planète habitable afin de sauver l'humanité.