Une année s'est écoulée depuis le retour sur Terre du Yamato et la décontamination de la planète. La vie a repris son cours normal. Les hommes ont quitté les cités souterraines, rebâtit les villes et se sont à nouveau lancés à la conquête du système solaire. Cependant, un nouvel ennemi menace l'humanité : l'Empire de la Comète Blanche étend son emprise sur l'univers, asservissant ou détruisant toutes les planètes se trouvant sur sa route et la Terre est sa prochaine cible.