An 2199. Sur la Terre, l’humanité est sur le point de s’éteindre, attaquée par les radiations en provenance de l’Empire Gamilas effaçant toute trace de vie. Les êtres humains se sont enfuis sous terre où ils survivent tant bien que mal. Il ne resterait qu’une année avant l’extinction totale de la vie sur notre planète. Répondant aux voeux de tous, le cuirassé Yamato entame son premier voyage dans l’espace afin de récupérer le Cosmo Cleaner sur Iscandar, planète située à 148 000 années-lumière !