Mewtwo, un Pokémon créé avec l'ADN de Mew, est l’un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémons, refusant de croire que Pokémon et humains puissent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !

Le film Mewtwo contre Mew fait partie du Cycle 1 de la série Pokémon : "Pocket Monster". Ce cycle regroupe la première et la seconde génération, et se déroule sur 3 régions différentes Kanto, l'archipel Orange et Johto. Il contient les saisons 1 à 5 ainsi que les films : Mew contre Mew Two | Le pouvoir est en toi | Le sort des Zarbi | Celebi - la voix de la forêt | Les héros Pokémon.