Au plus profond de la région de Johto existe un endroit magique avec des eaux transparentes, des montagnes interdites... et possédant un secret.

Mewtwo et ses amis, les clones dé Pokémon ont enfin trouvé un endroit où ils pouvaient vivre en paix, loin du cruel monde humain. Mais le leader maléfique de la team Rocket, Giovanni, se souvient du Pokémon et découvre sa cachette.