Quand des chercheurs découvrent un fossile de Mew, le Pokémon fabuleux, ils font naître une création contraire aux lois de la nature : Mewtwo, un Pokémon légendaire créé pour devenir un instrument de destruction. Lorsque Mewtwo prend conscience de sa sinistre origine, il développe une haine à l’encontre de ses créateurs humains et cherche vengeance. Sacha, Pikachu et leurs amis sont pris dans cette tourmente. L’avenir du monde Pokémon est en jeu. Nos héros réussiront-ils à relever le défi de Mewtwo... Et Mewtwo trouvera-t-il un nouveau sens à sa vie ?
Le film Mewtwo contre-attaque Evolution est sorti durant le Cycle 6 : "Soleil et Lune". Toutefois le film ne prend pas en compte les évènements d'Alola. Il s'agit d'un remake en image de synthèse du tout premier film Pokémon !