En 1999, un gigantesque vaisseau spatial s'écrase sur une île de l’océan Pacifique. Les nations, conscientes du danger que peut représenter un peuple ayant atteint cette technologie, s'unissent après une guerre dite d'unification pour restaurer le vaisseau, créant le SDF-1 Macross (Super Dimension Fortress-1). En 2009, alors que son inauguration est imminente, des vaisseaux aliens s'approchent de l'orbite terrestre.