En 2008, la guerre d'unification entre dans sa phase finale. Shin Kudo, pilote de F-14 des Nations-Unies, mène une patrouille dans le ciel du Pacifique Sud. Abattu au vol par un avion des Anti-UN, il est recueilli par le peuple de l'île Mayan. Mais l'île cache un secret convoité par les deux factions et le soldat va se retrouver propulser dans une nouvelle lutte.