AD 2009 : depuis six mois maintenant le SDF-1 erre dans l'espace. Lors d'une attaque des Zentrans, le jeune pilote Hikaru se retrouve enfermé dans un compartiment du navire avec la chanteuse débutante Minnmay. Secourus quelques jours plus tard, ils ont eu le temps d'apprendre à se connaître ; aussi se retrouvent-ils peu après, mais cette fois leur escapade provoquera le tout premier contact entre les humains et leurs ennemis, et celui-ci changera pour toujours l'histoire des deux races...