On raconte que dans la mythologie grecque, cinq garçons ont été investis d’une mission sacrée : protéger Athéna, déesse de la guerre et de la sagesse. Ensemble, ils sont les garants de la paix sur Terre. Lors d'un voyage en Grèce, Mitsumasa Kido, créateur de la fondation Graad, fait la rencontre d’un jeune homme mourant qui lui révèle être un Chevalier du Zodiaque. Celui-ci lui confie son armure d’or ainsi qu’un bébé, Saori Kido, qui n’est autre que la réincarnation d’Athéna. De retour au Japon, Kido envoie une centaine d’enfants orphelins à travers le monde afin que ceux-ci puissent parfaire leur entraînement de chevaliers. Toutefois, le Grand Pope, gardien du Sanctuaire, multiplie les complots afin d’éliminer Saori. Heureusement, Seiya, Shiryû, Hyôga, Shun et Ikki sont prêts à tout pour la défendre. S’engage alors une lutte sans merci afin de défaire les projets malveillants du Grand Pope.