Après avoir battu Desler, l'équipage du Yamato se sépare. La Terre est en train de se reconstruire, jusqu'à ce que Shima et Sanada interceptent une transmission d'une femme nommée Thérésa à propos d'une comète blanche qui détruit tout sur son passage. Appliquant une mutinerie, le Yamato lance depuis la Terre une attaque envers un ennemi, contre qui même le Wave Motion Gun est inutile.