Dans un futur proche, au 21e siècle. Une guerre couve au Japon, où se multiplient les affrontements religieux : remise en cause de la foi divine, rapprochement avec les idées obscurantistes du christianisme.

Un jour, Oribe Mafuyu, étudiante à la prestigieuse Académie saint Mikhailov, fait la connaissance d’un mystérieux jeune garçon à la chevelure argentée. Ce dernier n’est autre qu’un Qwaser, un être capable de manipuler les éléments.

La jeune fille se retrouve alors entrainée dans une lutte entre l'Eglise et ces combattants, pour une relique qui renfermerait de nombreux secrets.