Dans un Japon ravagé par une guerre de religion sans précédent, Mafuyu Oribe et sa cousine Tomo Yamanobe, élèves de la prestigieuse académie St-Mikhailov, croisent le chemin de l’énigmatique Aleksander « Sasha » Nikolaevich Her. Celui-ci se révèle être un Qwaser, un individu tirant sa puissance du Soma, une substance lui permettant de manipuler les éléments de la table périodique. Toutefois, l’apparition d’une icône dotée de pouvoirs surnaturels provoque alors au sein de l’établissement une lutte sanglante contre d’autres Qwasers.