Il y a mille ans, le héros Mithos et ses compagnons mirent fin à la guerre qui déchirait le monde. Cependant, l'Arbre géant de Kharlan qui distribuait le mana, source de vie, est à l'agonie.

Depuis lors, les Elus se succèdent afin de Régénérer le monde. Alors que Colette Brunel s'apprête à recevoir l'Oracle qui fera d'elle la nouvelle Elue, le Temple est attaqué. Sauvée par un mercenaire errant, Kratos Aurion, et par son ami d'enfance, Lloyd Irving, la jeune femme commence un pèlerinage pour sauver le monde.