Tachibana Mirei, Oaki Kiriko et Minomiya Mana arrivent sur la base d'interception de Shimojijima pour remplacer Mikaze, Karin, Ayamo et Shizuha, parties passer l'examen d'entrée dans la force spatiale d'interception. Malheureusement, après avoir échoué, elles sont vite de retour sur leur base d'origine mais constatent de nombreux changements. Un tout nouveau système d'interception automatique des météorites a été mis en place et le QG a confisqué le Stratos 4 !

Alors que la situation s'envenime, les jeunes femmes arriveront-elles à rétablir l'honneur de leur base ?