Il y a 50 ans, des scientifiques ont découvert que des comètes se dirigeaient vers la Terre. Afin d'empêcher la collision, les United Contries décident de créer une force spatiale et une force aérienne sous la gestion de la Cosmic Emergency Management Agency.

En 20xx, sur une base des Meteor Sweeper située sur l'île de Shimoji-jima dans la préfecture d'Okinawa, une jeune pilote, Mikaze Honjyo, et ses trois amies Shizuha Doi, Ayamo Nakamura et Karin Kikuhara, rêvent de devenir Comet Blaster et partir dans l'espace.