Dans l'âge de l'exploration spatiale, Romi et son amant George fuient une Terre dévastée en quête d'un nouveau monde pour les accueillir, et s'installent sur la planète Eden17. Elle se révèle néanmoins être une planète désolée inadaptée à la vie humaine. Après avoir perdu George lors d'un accident, Romi est déterminée à survivre avec son fils Cain et entre dans une capsule d'hibernation. Quand elle se réveille 1 300 ans plus tard, elle découvre qu'Eden abrite une ville prospère construite par les descendants de Cain et une forme de vie extraterrestre nommée Moopy. Romi y vit comme reine, mais alors que les années passent, son désir de rentrer sur Terre s'intensifie. Un jour, un enfant d'Eden appelé Com découvre le rêve de Romi et se lance dans un voyage pour la ramener sur Terre.

Cet anime possède une fin alternative, "Phoenix : Reminiscence of Flower", diffusée dans les cinémas japonais.