Au XXVIIIe siècle, afin d’endiguer la raréfaction croissante des matières premières, l’Homme a fait le choix de donner naissance aux enfants par le biais de l’intelligence artificielle, qui leur octroie un rôle spécifique au sein de la société. Godô Shingo, un jeune homme candide, appartient à ces bébés-éprouvette et fait preuve d’une extrême bonté, notamment envers Olga, une androïd qui fut sa nourrice. Son habilité en tant que tireur est rapidement remarquée par ses supérieurs qui lui confient une tâche qui pourrait changer le destin du monde : capturer Phénix, l’oiseau de feu, dont la capacité régénératrice pourrait sauver la Terre qui se meurt peu à peu. Godô va alors s’engager dans un voyage qu’il n’imaginait jusqu’alors.