Ken Kaidou et Ryo Magami avec leur robot géant Mazinkaiser SKL sont envoyés sur l'île des Machines couverte par un bouclier gravitationnel qui menace de détruire la Terre à cause de son instabilité actuelle.

Ils ont 66 heures pour empêcher la fin du monde et devront se battre contre les armées de Kiba, Galan et Aira qui contrôlent chacune une partie du bouclier et sont perpétuellement en guerre.