Au cours d'une bataille épique opposant les monstres mécaniques du Dr. Hell à Mazinger Z, piloté par Kabuto Kôji, Great Mazinger piloté par Tetsuya, Aphrodite A pilotée par Sayaka Yumi et enfin le fameux Boss Borot, ces derniers essuient une lourde défaite avec la disparition de Kôji, la destruction partielle de Great Mazinger et l'enlèvement de Mazinger Z.

Nos héros rentrent au Laboratoire de Recherche Photonique pour réparer les dégats en espérant que leurs ennemis n'attaquent pas rapidement. Le Baron Ashura, bras droit du Dr. Hell, ne tarde pas à prendre le labo d'assaut à bord d'un Mazinger Z sous ses couleurs.