Sauvés in extremis des attaques de Boiled par le docteur Easter, Rune et Oeufcoque sont emmenés directement au "Paradis". Derrière ce nom se cache un centre de haute technologie renfermant les savoirs interdits du Mardock Scramble 09, les seuls à même de sauver Oeufcoque qui se trouve à l'agonie. Bien que bouleversée par l'état de son ami, Rune va devoir se concentrer sur sa prochaine mission : pirater le casino surprotégé de Shell, l'homme qui l'avait laissée pour morte...