Après avoir frôlé l'extinction lors de la guerre contre les Zentradiens, l'humanité a pris conscience de la précarité de son existence et les instances internationales ont décidé de lancer un programme d'expansion et de colonisation spatiale.

En 2059, la vingt-cinquième flotte d'expansion, Macross Frontier, continue son voyage à travers l'univers. C'est sur ce méga vaisseau colonisateur que débarque Sherryl Nome qui va y donner un concert. Alto, jeune élève pilote de l'académie, offre deux places à son amie Ranka, grande fan de la chanteuse. Alors que toute l'attention de la colonie est tournée vers l'évènement, une forme de vie extraterrestre se manifeste non loin de là et menace la quiétude des colons…