En 2010, le gouvernement des Nations unies de la Terre a mis fin à la Guerre Spatiale qui l'opposait aux géants Zentradi. La planète étant ravagée, des flottes coloniales destinées à trouver de nouveaux mondes habitables sont envoyées aux quatre coins de la galaxie régulièrement.

En 2045. La 37e flotte d'émigration commandée par le New-Macross 7 se dirige vers le centre de la Voie lactée. Alors qu'elle s'approche du système solaire de Varauta, elle est attaquée par un étrange ennemi dont les appareils ressemblent étrangement à ceux utilisés par les Nations Unies. L'armée est complètement dépassée par les évènements et le seul espoir semble provenir d'un groupe de rock et de son chanteur, Nekki Basara, dont les chansons perturbent les ennemis.