Simon et Kamina vivent une vie monotone dans des galeries souterraines, bien loin du monde extérieur dont ils ignorent tout. Lorsque la belle Yoko, armée de son puissant fusil à supraconduction, débarque dans leur village alors qu'elle poursuit un mécha piloté par un humanoïde, leur vie prend enfin une tournure intéressante.

Les trois compères vont rapidement se retrouver propulsés à la surface, et embarquer pour une aventure épique qui les emmènera plus loin qu'ils ne l'auraient jamais imaginé...

Second film récapitulatif de la série Gurren Lagann, il fait suite au film Childhood's End.