Quand l'empire Vegan expédie un nouveau général pour surveiller la prise de contrôle de la Terre, celui-ci réussit rapidement à capturer Koji Kabuto et réquisitionne le Great Mazinger du musée où il été exposé. Duke Fleed à bord du Grendizer est dans l'obligation d'arrêter l'ancien défenseur de l'humanité avant qu'il ne devienne son destructeur.