Depuis quelques années, un nouveau type d'envahisseur est apparu au Japon et envahit progressivement le pays sans rencontrer de véritable opposition. En effet, l'AEGIS a été dissout depuis longtemps et ses membres se sont disséminés à travers le monde. Cependant, tout n'est pas perdu puisque certains Gate Keepers continuent de lutter dans la clandestinité. Parmi eux, la jeune Ayane Izuzu, fille de Shun Ukiya.