En 1969, alors que le Japon est en pleine croissance économique, le pays est menacé par des extra-terrestres infiltrés parmi la population.

L'AEGIS (Alien Exterminating Global Intercept System), une organisation secrète est alors chargée de lutter contre ces envahisseurs. Pour cela ils emploient des "Gate Keepers", individus possédant un pouvoir psychique permettant d'ouvrir des portails inter-dimensionnels.