À la mort de son père, Rin Tôsaka rejoint la Guerre pour le Saint-Graal accompagnée de son Servant de classe Archer. Mais très vite, elle découvre que Shirô Emiya, un garçon du même lycée, est impliqué dans le conflit et le sauve in extremis d’une blessure mortelle. Dès lors, Rin se lance à corps perdu dans la Guerre pour le Saint-Graal avec Shirô et son Servant à ses côtés. Ainsi commence l’aventure de Shirô, à la recherche de la vérité sur ses pouvoirs, et sa volonté inflexible à devenir un vrai héros.