La 5ème guerre pour le Saint-Graal a bouleversé la ville de Fuyuki à tout jamais. La bataille finale se rapproche inéluctablement alors que Maîtres et Servants dévoilent peu à peu leurs vrais visages et leurs réelles intentions. Au coeur de ce cataclysme se trouvent Shirô Emiya et Rin Tôsaka. La guerre sainte se poursuivant inexorablement, chaque duo de Maîtres et Servants avance ses pions pour mettre la main sur le précieux et inestimable Graal. Tandis que Caster applique son plan de capturer Saber, Rin et Archer font tous deux route à part, chacun ayant son propre combat à mener. Sans l'aide de Saber, Shirô sera mis à rude épreuve alors que de nombreux combats approchent à grands pas. Son désir de protéger les autres et de devenir un authentique héros sera-t-il à sa portée ?