En 2015, la place de la magie dans le monde diminue de jour en jour. Afin de sauvegarder l’humanité, l’organisation Chaldea observe attentivement l'évolution et l'avenir du genre humain par la combinaison des méthodes magiques et scientifiques. Mais un jour, le futur semble soudain disparaître après l’année 2017. Afin d’en découvrir la cause, l’organisation décide d’envoyer en mission dans le passé des Masters afin de rectifier les anomalies de l'Histoire : cette mission est le Grand Order.