Yumi et Ryou font partie des enfants qui ont été sélectionnés pour devenir les pilotes des premières unités de combat Fafner ; la dernière chance de survie de la race humaine. L'ennemi est impitoyable et sait lire l'esprit des humains. Par conséquent, les détails de cette mission sont gardés secrets même pour le personnel impliqué. Les jeunes pilotes vont devoir utiliser tout leur courage et leur foi pour survivre...