Tatsumiyajima  est une petite île japonaise tranquille où il fait bon vivre. Mais derrière cette apparente sérénité, l'île se trouve être la dernière ligne de défense contre un ennemi hostile et incompréhensible. Au centre de tout cela, la lutte pour la pérennité de l'humanité. , est le robot géant Fafner, le dragon qui garde ce dernier trésor de l'humanité.