L'Evangelion 02 d'Asuka Shikinami Langley fait enfin son apparition, en même temps que le 05, piloté par la mystérieuse Mari Makinami. Gendo et la NERV poussent Shinji dans ses derniers retranchements. Pour sauver Rei Ayanami, Shinji poussera son Eva et sa propre existence jusqu'au point de rupture, au delà duquel plus rien ne sera jamais comme avant.

Lors de la sortie en DVD et Blu-Ray de "Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance", le film est sortie dans une version retravaillée nommée "Evangelion: 2.22 You Can (Not) Advance". Cette version inclut des scènes modifiés, mais aussi des scènes inédites.