Quinze ans après le "Second Impact", une catastrophe d'une ampleur inouïe qui a anéanti la moitié de l'humanité les survivants reprennent peu à peu leur vie quotidienne. Un adolescent de 14 ans, Shinji Ikari, est convoqué à Tokyo 3 par son père, qu'il n'a plus vu depuis plusieurs années. Une créature géante, un "Ange", apparaît alors sur la ville. L'armée engage immédiatement le combat, mais en vain.
Au quartier général de la NERV, une organisation secrète, Shinji apprend l'existence d'une arme humanoïde gigantesque. Son père lui ordonne d'en prendre immédiatement les commandes et d'aller affronter l'Ange. Shinji se retrouve ainsi propulsé à bord de l'Eva-01...