Shin-chan fait la rencontre d'une fille nommée Lemon Sunomono. Celle-ci s'avère être une espionne de la République de Sukashipestan qui a pour mission d'infiltrer le royaume d'Hedelna, afin d'y trouver une capsule contenant une arme secrète. Voulant l'aider dans sa tâche, Shin s'entraine pour devenir lui-même un espion...