Les stagiaires d'AKB0048 ont réussi à devenir des stars et elles sont connues presque dans toutes les galaxies. Durant un concert donné par le groupe, Tsubasa décide de remettre en place le Center Nova. Suite à cette déclaration, tous les AKB0048 se demandent qui prendra cette place.

Peu de temps après, Sonata, Chieri et Yuki sont capturés par les anti-divertissements et sont emmenées devant un tribunal.

Les AKB0048 vont tout faire pour les libérer...