Au XXI siècle une guerre interplanétaire a endommagé l'écosystème de la Terre, et l'humanité se retrouve forcée de coloniser les différentes planètes existantes. Dans cette nouvelle société les divertissements sont interdits. 48 ans plus tard, le groupe d'idols légendaire AKB48 est ressuscité sous le nom de AKB0048, ses membres étant de ce fait considérées comme des terroristes ; elles se retrouvent donc à prendre les armes pour défendre leur rêve et leurs fans!

Sur Lancastar, Nagisa, Yûka, Orine et Chieri vont voir le concert d'AKB0048 en secret ; à présent les quatre jeunes filles n'auront qu'un seul souhait : rejoindre le groupe ! Quatre années plus tard, les sélections pour choisir les nouvelles membres de la 77e génération ont lieu…