Zipang présente l'histoire d'un bâtiment de la marine japonaise à la pointe de la technologie en armement notamment. Alors que le vaisseau est dépêché en Amérique du Sud pour assurer la sécurité de ressortissants japonais, il se retrouve pris dans une dépression climatique étrangement importante. Le bateau va alors se retrouver soudainement en 1942, en pleine guerre du Pacifique! Tout l'équipage devra donc faire face à ce dilemme : participer ou non au conflit avec toutes les conséquences que cela suppose.