Durant l'ère divine, Yûna Yûki est une élève de quatrième au collège Sanshû. Elle participe activement au club des héros où elle passe des jours paisibles en compagnie de ses trois amies, jusqu'à ce qu'elle soit confrontée à des êtres étranges appelés « Vertex »…

Ce film fait partie d'une trilogie qui reprend les 6 premiers épisodes de la saison 2 de Yuki Yuna is a Hero.