Six mois après la fin de l'histoire de Yu-Gi-Oh !, Yami Yugi, qui réside dans le corps de Yugi Muto, et Seto Kaiba s'affrontent dans un utlime duel de cartes, mettant en jeu leurs fiertés respectives. Mais un nouvel ennemi très puissant vient perturber cet affrontement...