Tout commence lorsque Yûsei se fait voler l'une de ses plus précieuses cartes. Peu après, il se retrouve projeter dans le passé, où il rencontrera Jûdai et Yûgi. Ensemble, ils devront arrêter Paradox, un nouvel ennemi qui veut empêcher Pegasus de créer le Duel de Monstre. Mais ils auront fort à faire, et la partie est loin d'être gagnée d'avance.