Yûgi Muto est un jeune adolescent qui mène une existence tranquille et va, comme tout bon garcon de son âge, au lycée où il est parfois un peu chahuté. Il est élevé par son grand-père qui tient une boutique de jeux et objets divers.

Ce dernier fait un jour cadeau à Yûgi d’un puzzle millénaire dont on prétend qu’il renfeme un secret, secret jusqu’alors inviolé. Comme un signe du destin, Yûgi parvient à reconstituer le puzzle en forme de petite pyramide. Se révèle alors en lui une seconde personnalité, celle d’un Yugi beaucoup plus sombre et qui ne tolère aucune injustice.