Nous sommes en 1968. Les étudiants de médecine et internes de l’université de Tokyo sont en grève pour mettre fin au système de l’internat, qu’ils jugent injuste. Lorsqu’un train percute un bus sur un passage à niveau, le CHU se retrouve alors vite débordé. Maiko Okamoto, interne au CHU, est envoyée sur le campus pour recruter des volontaires. Elle fait alors la rencontre de Kuroo Hazama, un étudiant mystérieux au visage rapiécé...

Young Black Jack est un préquel à la série Black Jack d'Osamu Tezuka.