Kin, Gin et Do, des Yo-Kai malfaiteurs, volent la Yo-Kai Watch de Keita afin d'aider leur maître Tokio Ubaune et empêcher les humains et les Yo-Kai d'être amis. Mais Keita trouve de l'aide auprès du Yo-Kai Fuyunyan qui le conduira avec Whisper et Jibanyan 60 ans en arrière.

C'est à cette époque que la Yo-Kai Watch fut inventée par Keizo, le propre grand-père du garçon ! Ensemble, ils devront affronter Tokio Ubaune et ses larbins et ainsi sauver le monde.