Un jour, une étrange comète se rapproche de la Terre et un virus Yo-kai commence à affecter les humains ayant des intentions malveillantes. Se propageant rapidement, l'épidémie les transforme en Kaodeka Oni et cause le chaos. La fin étant proche, seuls ceux choisis par les nouvelles montres Yo-kai peuvent résister à la menace imminente et sauver à la fois les Yo-kai et les humains d'une mort certaine.