L'école Gakuen Y est entourée de nombreux mystères que le "YSP Club" tente de percer. Les membres, qui peuvent également se transformer en "Yo-kai Héros", se voient confier la mission de résoudre les plus grands mystères de l'histoire des Yo-kai. Un conseil étudiant trop puissant, un comité disciplinaire impitoyable et même une invasion extra-terrestre.

Qu'est ce qui attend Jinpei et les autres membres du YSP Club ? Un brillant avenir ? Ou peut-être...