En l'an 4767 T. C., la race humaine s'est étendue sur d'autres planètes et des colonies artificielles. La Terre semble avoir été perdue; effacée des cartes spatiales, elle a été rebaptisée "Lost Jerusalem".

Il y a quelques années, un mystérieux est soudainement apparu. Depuis l'humanité s’efforce maintenant de trouver des moyens de vaincre cette menace qui pèse sur son existence. Le développement de KOS-MOS, un androïde spécialisé avec des capacités étonnantes, par l’ingénieur Vector Shion Uzuki fut une réponse à la menace. Mais lorsque leur vaisseau est détruit par la Gnose, Shion et ses compagnons se retrouvent plongés au milieu d’une bataille incertaine...