Dans un lointain futur, l'humanité est menacée par un Virus capable d'infecter aussi bien les vivants que les machines. Sa cible prioritaire, la ville de Néo Tokyo, dirigée par un organisme appelé Zähinell. Afin de lutter contre le menace, un organisme de défense a été mis sur pied, mené par le mystérieux Raven.

Serge, un jeune homme sans passé, va tout tenter pour tuer cet homme... Pourtant, il se retrouve finalement engagé à ses côtés. Mais le Virus ne sera pas le seul ennemi qu'il rencontrera...