2025, cinq ans après les attaques terroristes dévastatrices qui ont mis fin aux Jeux Olympiques de Tokyo 2020. L'ONU a pris le contrôle de l'ancien site olympique sur le bord de la baie de Tokyo, en le plaçant au-delà de la juridiction du Japon.

Hana Togetsu, une élève de lycée de 17 ans vit dans cette zone et travaille pour une unité spéciale, sous la direction de l'ONU. Sa nouvelle mission : infiltrer le lycée de l'île d'Enoshima comme nouvelle élève, et rentrer en contact avec l'un de ses futurs camarades : Shunichi Nanase. Alors qu'elle est sur le point de remplir ses objectifs, sa route croise celle d'un homme traquant lui aussi Shunichi.